Mit der Fraunhofer Gesellschaft und der Max-Planck Gesellschaft haben sich in Mittelhessen gleich zwei wichtige außeruniversitäre Forschungseinrichtungen niedergelassen. In den Forschungszentren arbeiten internationale Wissenschaftler insbesondere im Bereich der Biologie an der Entwicklung neuer Produkte für Medizin und Ökologie.

Die Verknüpfung von Wirtschaft und Wissenschaft spielt in Mittelhessen eine übergeordnete Rolle. Dabei ist unter Wissenschaft keinesfalls nur die diversifizierte Hochschullandschaft der Region zu subsummieren. Auch exzellente außeruniversitäre Forschungszentren verfolgen in der Region das Ziel, mithilfe ihrer Aktivitäten einen Beitrag zur Weiterentwicklung von Produkten in den Bereichen Medizin, Ökologie und Biotechnologie zu leisten.

Das LOEWE-Zentrum für Insektenbiotechnologie & Bioressourcen der Fraunhofer-Gesellschaft (Standort Gießen) ist ein solches außeruniversitäres Forschungszentrum. Hier werden Insekten als neue Bioressource für Produkte in den Bereichen Medizin, Pflanzenschutz und industrieller Biotechnologie erschlossen. Beteiligte sind zwei mittelhessische Hochschulen (JLU und THM) sowie das Fraunhofer-Institut für Molekularbiologie und Angewandte Ökologie (IME).

Das Max-Planck-Institut für terrestrische Mikrobiologie beschäftigt sich hingegen als LOEWE-Zentrum für synthetische Mikrobiologie mit Mikroorganismen auf molekularer, zellulärer und ökologischer Ebene. Ziel der Forschung ist hier, die Funktionsweisen der Organismen, wie etwa die Anpassung an wechselnde Umwelteinflüsse, zu analysieren und zu verstehen.

Im Bereich der Lungenerkrankungen erforschen die JLU und die THM gemeinschaftlich als LOEWE-Zentrum UGMLC ("Universities of Giessen and Marburg Lung Center") entzündliche und hyperproliferative Erkrankungen der Lunge und der Atemwege. Beteiligte hierbei sind die Justus-Liebig-Universität Gießen (Federführung), die Philipps-Universität Marburg sowie das Max-Planck-Institut für Herz- und Lungenforschung (Bad Nauheim).

Mit dem Deutschen KinderHerz-Transplantationszentrum bietet das Universitätsklinikum Gießen und Marburg außerdem ein bundesweit einzigartiges Kompetenzzentrum für Kinderherztransplantation und gehört zu den führenden Einrichtungen auf diesem Gebiet.